Botanikos instituto herbariumas (BILAS) įkurtas 1948 m. Floros ir geobotanikos sektoriuje (dabar Floros ir geobotanikos laboratorija) ir priklauso regioninių nacionalinių herbariumų kategorijai. Makromicetų ir mikromicetų kolekcijos pradėtos kaupti įkūrus Mikologijos ir Fitopatogeninių mikroorganizmų laboratorijas. 

Šiuo metu Botanikos instituto herbariumą sudaro:
1. Lietuvos induočių augalų herbariumas (apie 60000 pavyzdžių). Didžiausios yra šių šeimų kolekcijos: Cyperaceae – apie 4000 pavyzdžių, Poaceae – apie 4000 pavyzdžių, Rosaceae – apie 3500 pavyzdžių, Asteraceae – apie 3500 pavyzdžių. Gausiausios genčių kolekcijos: Alchemilla – apie 1200 pavyzdžių, Populus – apie 900 pavyzdžių, Salix – apie 900 pavyzdžių, Hieracium – apie 600 pavyzdžių. Šiame herbariume yra daugiau nei 8000 adventyvinių augalų pavyzdžių.
2. Bendrasis užsienio kraštų augalų herbariumas (apie 6000 pavyzdžių). Šis herbariumas pradėtas kaupti neseniai. Jis nuolat papildomas mainų būdu.
3. Lietuvos samanų herbariumas (apie 8000 pavyzdžių).
4. Makromicetų herbariumas. Jį sudaro apie 25 000 pavyzdžių, priklausančių 1800 rūšims.
5. Mikromicetų herbariumas (apie 12 000 pavyzdžių).
6. Miksomicetų herbariumas (apie 4000 pavyzdžių, priklausančių 320 rūšių).
7. Kerpių ir su jomis susijusių grybų herbariumas (apie 8000 pavyzdžių, priklausančių 750 rūšių). 

Didžioji dalis augalų herbariumo kolekcijų (išskyrus Characeae ir trapių bei smulkių augalų pavyzdžius) yra saugoma aplankuose (44 x 30 cm). Kolekcijos sutvarkytos pagal Dalla Torre & Harms sistemą. Jos saugomos hermetiškuose metaliniuose seifuose.
Sukurta herbariumo kompiuterinė duomenų bazė. Šiuo metu ši duomenų bazė perdirbta į dBASE tipą.